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Die Kristallographie in Göttingen hat eine lange Tradition, auch wenn es bis in die jüngere Vergangenheit kein Institut und keine Professur dieses Namens gab. Die Liste der an den Physikalischen Instituten wirkenden Kristall- bzw. Festkörperphysiker umfasst so bekannte Namen wie W. Voigt, P. Debye, W. Nernst, M. Born, R.W. Pohl und R. Hilsch. Gleichzeitig wurde die klassische, morphologisch und optisch ausgerichtete Kristallographie traditionell in der Mineralogie vertreten. Hier wirkten im 19. Jahrhundert u.a. J.F.L. Hausmann, W. Sartorius v. Waltershausen, J.O. Mügge und in diesem Jahrhundert V.M. Goldschmidt, C.W. Correns, H.G.F. Winkler und S. Koritnig.
Der nach dem Zweiten Weltkrieg weltweit einsetzende Aufschwung der Kristallstrukturanalyse, besonders auch in der Halbleitertechnologie, hatte zur Folge, dass an den Hochschulen aller entwickelten Industrieländer besondere Institute oder Lehrstühle für Kristallographie eingerichtet wurden. In Göttingen geschah das zunächst in der Form eines Extraordinariats für Kristallographie innerhalb der Mineralogie. Auf diese Stelle wurde im Jahre 1949 H.G.F. Winkler berufen.
Nachdem Winkler einem Ruf nach Marburg gefolgt war, wurde J. Zemann im Jahre 1952 als sein Nachfolger nach Göttingen berufen. Die Stelle wurde 1965 zum Ordinariat erhoben und das Mineralogisch-Kristallographische Institut als selbstständige Einheit innerhalb der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät gegründet. Zemann wurde dessen erster Direktor.
Als Zemann 1967 einem Ruf nach Wien gefolgt war, wurde V. Kupcik sein Nachfolger in Göttingen. 1978 folgte die Ernennung von P. Susse als Professor am Institut. Im Jahre 1982 wurde das Institut neu etabliert, jetzt innerhalb der Fakultät für Geowissenschaften. Nach Kupciks Tod, 1990, wurde W.F. Kuhs 1993 als dessen Nachfolger berufen. Im Jahr 2000 wurde das Mineralogisch-Kristallographische Institut als "Abteilung Kristallographie" in das Geowissenschaftliche Zentrum der Universität Göttingen (GZG) eingegliedert. Die Abteilung beschäftigt sich mit atomaren/molekularen Aspekten von geowissenschaftlich relevanten Materialien (Schwerpunkt: Eis, Gashydrate), betätigt sich aber auch im Bereich der Materialwissenschaften mit Kontakten zur Physik und Chemie.
